ระบบ DirectAdmin มาพร้อมกับระบบจัดการฐานข้อมูล MySQL/MariaDB (ขึ้นอยู่กับผู้ให้บริการ) ซึ่งสามารถจัดการฐานข้อมูลได้ทั้งหมด ไม่ว่าจะเป็น สร้างฐานข้อมูล,​ สร้างผู้ใช้งานฐานข้อมูล,​ เข้าสู่ระบบจัดการฐานข้อมูล phpMyAdmin, ลบฐานข้อมูล, กำหนดสิทธิ์ผู้ใช้งานฐานข้อมูล, กำหนด IP Address ที่สามารถเข้าถึงฐานข้อมูล โดยสามารถจัดการได้ที่ MySQL Management