MongoDB เก็บข้อมูลในรูปแบบ Document ซึ่งแตกต่างจากฐานข้อมูล Relational ที่ใช้ตาราง (Table) และแถว (Row) ใน MongoDB หน่วยเก็บข้อมูลพื้นฐานคือ Document ที่อยู่ภายใน Collection โครงสร้างนี้ให้ความยืดหยุ่นสูง เพราะแต่ละ Document ไม่จำเป็นต้องมีโครงสร้างเดียวกัน เหมาะกับข้อมูลที่มี Schema เปลี่ยนแปลงบ่อย